Khảo sát các thứ‐týp (subtype) trên bệnh nhân nhiễm hiv tại thành phố Hồ Chí Minh

Nghiên cứu Y học  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014 Chuyên Đề Nội Khoa 378 KHẢO SÁT CÁC THỨ‐TÝP (SUBTYPE)   TRÊN BỆNH NHÂN NHIỄM HIV TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH  Huỳnh Minh Tuấn*,**, Nguyễn Kim Huyền*, Phạm Hùng Vân**, Nguyễn Thanh Bảo**  TÓM TẮT  Mở đầu: Cho đến nay, khả năng đột biến của siêu vi HIV‐1 tạo nên sự đa dạng sinh học nhằm tránh thoát  hệ miễn dịch của ký chủ và đề kháng lại các thuốc kháng siêu vi vẫn là một thách thức trong việc điều trị căn  bệnh thế kỷ này. Nhiều nghiên cứu cho thấy có sự phân bố khác nhau  theo địa  lý của khoảng 11  thứ  týp và  khoảng 48 thể‐tái‐tổ‐hợp(CRF) của HIV‐1 khắp thế giới, và có sự khác biệt đáng kể về khả năng lây truyền cũng  như diễn tiến bệnh. Tại Việt Nam vẫn còn ít số liệu công bố trong lĩnh vực này.   Mục  tiêu: Xác định thứ týp HIV‐1 đang lưu hành tại thành phố Hồ Chí Minh trong những năm 2010‐ 2011.  Phương pháp: Nghiên cứu được thiết kế theo phương pháp mô tả, tiền cứu, thực hiện tại Bệnh Viện Bệnh  Nhiệt Đới TP. Hồ Chí Minh từ 1/2010 đến 12/2011. Cỡ mẫu: 200. Tiêu chuẩn chọn mẫu: người bệnh được chẩn  đoán xác định nhiễm HIV‐1  theo  tiêu chuẩn chẩn đoán của Bộ Y Tế 2009  (3), chưa  từng được điều  trị  thuốc  kháng siêu vi. Tiến hành ly trích RNA từ huyết tương, tổng hợp cDNA, khuếch đại và giải trình tự nucleotid  vùng gen envelop. Sau đó, dùng phần mềm Mega 5.05 phân tích trình tự và xây dựng cây quan hệ tiến hóa.  Kết quả: Trong 200 mẫu, có 185 mẫu (chiếm 92,5%) đã thành công trong việc khuếch đại, giải trình tự. Kết  quả cụ thể cho thấy: 175 mẫu (chiếm 94,59%) thuộc thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE; 5 mẫu (chiếm 2,7%) thuộc thứ  týp B; và 3 mẫu (chiếm 1,6%) thuộc thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE_B.  Kết luận: Nghiên cứu đã góp phần khẳng định thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE của siêu vi HIV‐1 lưu hành chủ  yếu ở thành phố Hồ Chí Minh. Bên cạnh đó vẫn có sự lưu hành của thứ týp B và đã bắt đầu có sự xuất hiện của  thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE_B.  Từ khóa: HIV‐1, thứ týp, CRF01_AE  ABSTRACT  HIV‐1 SUBTYPE DIVERSITY IN NAÏVE PATIENT IN HO CHI MINH CITY  Huynh Minh Tuan, Nguyen Kim Huyen, Pham Hung Van, Nguyen Thanh Bao    * Y Hoc TP. Ho Chi Minh * Vol. 18 ‐ Supplement of No 1 ‐ 2014: 378 ‐ 383  Background: To date,  the diversity of HIV‐1 mutations  for avoiding host  immune  system and  resisting  against antiviral drugs  remains  the giant  challenge  to human being  for  successful  treatment  in  this  century.  Many studies show different geographic distributions of about 11 subtypes and 48 circulating recombinant forms  (CRFs) of HIV‐1, and big differences of transmission ability as well as disease progression. There  is not much  data of this issue in Vietnam.  Objective: Determine the subtype of HIV‐1 inHo Chi Minh City during 2010‐2011.  Methods:  This  study was  designed  descriptively  and  prospectively,  performed  at HCMC Hospital  for  Tropical Diseases from 1/2010 to 12/2011. Sample size: 200. Criteria for screening: naïve patients were diagnosed  with  HIV  infection  following  Vietnam  Ministry  of  Health  2009  Guidelines  for  diagnosing  and  treatment  HIV/AIDS(3). Total whole blood samples were extracted RNA  from plasma, synthesized cDNA, amplified and  *Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn Bệnh viện Đại học Y Dược Tp. HCM      ** Bộ môn Vi sinh – Khoa Y – Đại học Y Dược Tp. HCM  Tác giả liên lạc: ThS Huỳnh Minh Tuấn ĐT: 0909349918 Email: huynhtuan@yds.edu.vn.  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014  Nghiên cứu Y học Nhiễm 379 sequenced envelop gene. Then, we used software Mega 5.05 to analyze sequences and build phylogenetic tree.  Results: Among  200  collected  samples,  the  results  show  that  185  (92.5%)  samples were  amplified  and  sequenced sucessfully. There are 175 individuals (94.59%) belong to CRF01_AE; 5 individuals (2.7%) belong to  subtype B; and 3 individuals (1.6%) belong to CRF01_AE_B.  Conclusion: Our study shows the major subtype in HCMC is CRF01_AE. Moreover, there is also subtype  B and CRF01_AE_B.  Keywords: HIV‐1, subtype, CRF01_AE  ĐẶT VẤN ĐỀ  Đã hơn  30 năm kể  từ ngày hội  chứng  suy  giảm  miễn  dịch  mắc  phải  (AIDS  =  Acquired  Immunodeficiency Syndrome)  được mô  tả  trên  y văn, và cũng gần bằng ngần  ấy  thời gian  tác  nhân  gây  bệnh  được  xác  định  là  siêu  vi HIV  (Human  Immunodeficiency  Virus),  con  người  vẫn chưa có được một loại thuốc nào có thể điều  trị tận gốc căn bệnh thế kỷ này. Lý do lớn nhất  có lẽ là do siêu vi HIV sở hữu nhiều cơ chế bảo  vệ khả năng  tấn  công vào và  tồn  tại  được bên  trong tế bào ký chủ, và khả năng tránh thoát hệ  miễn dịch cũng như là các loại thuốc kháng siêu  vi. Cơ  chế  được nhắc  đến nhiều nhất và  cũng  được ghi nhận  là  thách  thức  lớn nhất  cho  con  người  trong  việc  chế  tạo  thuốc  điều  trị  là  khả  năng đột biến di truyền của siêu vi, tạo nên một  quần  thể  đa  dạng  bên  trong một  người  bệnh  nhiễm HIV‐1, và do vậy có  thể đáp ứng  được,  tồn tại được trước sự tấn công của hệ miễn dịch  ký chủ và các thuốc kháng siêu vi.  Siêu vi HIV‐1 gây nhiễm bệnh ở người được  phân  thành 3 nhóm: M  (Major), O  (Outlier), và  N  (nonmajor, nonoutlier). Trong nhóm M,  siêu  vi  được phân chia  thành  các  thứ  týp  (subtype)  được định danh bằng các chữ cái; và dưới‐thứ‐ týp  (sub‐subtype) được định danh bằng các số.  Cho đến hiện nay đã xác định được A1, A2, A3,  A4, B, C, D, F1, F2, G, H, J, K. Khác biệt di truyền  giữa các cá thể siêu vi cùng một thứ týp khoảng  15‐20%,  khác  thứ  týp  có  thể  lên  đến  25‐30%(7).  Ngoài ra, hiện  tượng  tái  tổ hợp giữa các cá  thể  siêu vi khác thứ týp trong cùng một cơ thể người  bệnh tạo ra một biến thể siêu vi mới cũng có khả  năng  lây  truyền  từ  người  sang  người  và  gây  bệnh,  gọi  là  thể‐tái‐tổ‐hợp  (CRF  =  Circulating  Recombinant  Form),  ví  dụ  thể‐tái‐tổ‐hợp  CRF01_AE được ghi nhận lưu hành ở Thái Lan  từ năm 1998(6).  Thứ týp khác nhau đã được ghi nhận có liên  quan mật thiết đến quá trình lây lan và diễn tiến  bệnh, ví dụ  siêu vi R5  (sử dụng  đồng  thụ  thể  CCR5) có khả năng lây lan mạnh, trong khi siêu  vi X4 (sử dụng đồng thụ thể CXCR4) lại thường  gắn với diễn tiến bệnh nhanh và nặng(8), hầu hết  các siêu vi thuộc các thứ týp khác nhau sử dụng  hai đồng thụ thể nói trên, riêng thứ týp D có ái  tính với cả hai, trong thứ týp C, quần thể siêu vi  X4 thấp hơp nếu so với thứ týp B(5). Một nghiên  cứu cho thấy khả năng lây truyền mẹ‐con ở thứ  týp C  cũng mạnh  hơn  so  với  thứ  týp  B(15),  và  tương  tự như vậy đối với khả năng  lây  truyền  qua đường  tình dục khác giới giữa C với A và  D(10). Một nghiên cứu ở Thái Lan cũng cho thấy  khả  năng  lây  truyền  mạnh  mẽ  của  thể  CRF01_AE so với thứ týp B(9).  Đối  với  diễn  tiến  bệnh,  từ  rất  sớm  vào  những năm 90 của thế kỷ trước, nghiên cứu của  Kanki(11) đã cho thấy diễn tiến bệnh rất nhanh ở  những phụ nữ nhiễm thứ týp C, D, G nếu so với  A. Một nghiên cứu khác  trên  đoàn  thể khoảng  1000 người Thái nhiễm thể CRF01_AE cho thấy  thời gian sống còn  trung bình ngắn hơn so với  đoàn thể người phương Tây nhiễm HIV(14). Một  nghiên cứu khác trên người bệnh Uganda cũng  cho thấy diễn tiến bệnh nhanh hơn, tỷ lệ tử vong  cao hơn  đối với  thứ  týp D  so với A(13). Và gần  đây,  kết  quả một nghiên  cứu  trên  người  bệnh  Kenya cũng cho  thấy  tỷ  lệ  tử vong cao hơn, số  lượng tế bào CD4 sụt giảm nhanh hơn ở những  người bệnh nhiễm thứ týp D so với A và C(1).  Một  trong  những  yếu  tố  chủ  chốt  tạo  nên  tính đa dạng sinh học của siêu vi HIV‐1 nằm ở  Nghiên cứu Y học  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014 Chuyên Đề Nội Khoa 380 chỗ  men  sao  chép  ngược  (RT=Reverse  Transcriptase) của siêu vi thiếu khả năng sửa sai  (proofreading)  trong  quá  trình  sao  chép,  dẫn  đến một tỷ  lệ đột biến rất cao (3,4x10‐5 mỗi cặp  nucleotide mỗi chu kỳ sao chép). Nếu ước lượng  chiều dài toàn bộ chuỗi RNA của siêu vi HIV‐1  là 10.000 nucleotide, tốc độ sao chép khoảng 10  tỷ virion một ngày, thì cứ mỗi ngày trôi qua sẽ  có hàng  triệu biến  thể  siêu vi mới  được  tạo  ra  bên trong cơ thể một người bệnh(2).  Theo các nghiên cứu đã công bố(6,14), phân bố  thứ týp của siêu vi HIV‐1 như sau:  Thứ týp Vùng lưu hành A Kenya B Bắc Mỹ, Trung Mỹ, phía bờ tây Nam Mỹ, Tây Âu, Úc Châu C Ấn Độ, Châu Phi (các nước vùng sừng châu Phi và Đông, Nam Phi) D Châu Phi (Sudan, Uganda) B và CRF01_AE Đông Nam Châu Á CRF02_AG và các thể- tái-tổ-hợp khác Châu Phi (vùng Địa Trung Hải như Ai Cập, Algieri, Libya) A, B, và các thể tái-tổ- hợp giữa A và B Nga, Đông Âu B và các thể tái-tổ-hợp giữa B và F Nam Mỹ (Brasil, Argentina, Bolivia) B, C, và các thể tái-tổ- hợp giữa B và C Trung Quốc và các nước Trung Á F, G, H, J, K, CRF01 và các thể-tái-tổ-hợp khác Châu Phi (Congo, Angola, Gabon) Tại Việt Nam, số liệu nghiên cứu về vấn đề  này  còn  tương  đối  ít, một  số nghiên  cứu  của  các tác giả đi trước vào các năm 2004(12), 2010(16)  và 2012(4) cho kết quả  thứ  týp  lưu hành  ở các  vùng  khảo  sát  thuộc miền  Bắc  Việt  Nam  là  CRF01_AE  và  E  (là  danh  pháp  cũ  của  CRF01_AE).  Còn  ở  miền  Nam  thì  một  vài  nghiên  cứu  cũng  cho  thấy  thứ  thể‐tái‐tổ‐hợp  CRF01_AE  lưu  hành  chủ  yếu(17,18,).  Do  vậy,  chúng tôi thực hiện nghiên cứu này nhằm mục  đích khảo sát các  thứ  týp  lưu hành chủ yếu ở  miền Nam,  thông qua những người bệnh đến  khám và điều trị tại Bệnh Viện Bệnh Nhiệt Đới  TP. Hồ Chí Minh,  là  tuyến  điều  trị  cao  nhất  bệnh nhiễm HIV/AIDS tại miền Nam.  ĐỐI TƯỢNG ‐ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU  Nghiên  cứu  được  thiết  kế  theo  phương  pháp mô tả, tiền cứu, thực hiện tại Bệnh Viện  Bệnh Nhiệt  Đới  TP. Hồ  Chí Minh  từ  1/2010  đến 12/2011.  Đối tượng  Tổng  cộng nhóm nghiên  cứu  chúng  tôi  đã  thu  thập  được  200 mẫu máu  toàn phần người  bệnh  HIV‐1  đến  khám  và  điều  trị  tại  phòng  khám ngoại  trú của Bệnh viện Bệnh Nhiệt Đới  TP.HCM.  Mẫu  được  lấy  theo  phương  pháp  ngẫu nhiên  liên  tục  cho  đến khi kết  thúc. Tiêu  chuẩn chọn mẫu vào nghiên cứu là người bệnh  được chẩn đoán xác định nhiễm HIV‐1 theo tiêu  chuẩn chẩn đoán của Bộ Y Tế 2009(3), chưa được  điều  trị  thuốc  kháng  siêu  vi  trước  đó,  trưởng  thành  (≥  18  tuổi  tính  đến  thời  điểm  tham  gia  nghiên  cứu)  và  đồng  ý  tham  gia  nghiên  cứu;  không phân biệt tuổi, giới, tiền sử lây truyền, và  giai đoạn tiến triển của bệnh.  Ly trích huyết tương  Mẫu máu toàn phần (8‐10ml) được cho vào  ống  chống  đông  EDTAK3  (Nam Khoa  Biotek,  HCMC,  Vietnam),  được  vận  chuyển  từ  Bệnh  Viện Bệnh Nhiệt Đới TP. Hồ Chí Minh về Đại  Học Y Dược TP. Hồ Chí Minh trong thùng xốp  kín có đá khô không quá hai (02) giờ kể  từ khi  lấy mẫu, và được ly tách huyết tương ngay.  Mẫu máu  được  ly  tách  huyết  tương  bằng  phương pháp ly tâm với tốc độ 5000vòng/phút,  trong  10 phút  ở  nhịêt  độ  4oC. Huyết  tương  ly  tách  được khoảng  3‐4ml,  được  aliquot  vào  các  ống Effpendof 1,5ml và lưu ở ‐70°C đến khi thực  hiện bước tiếp theo.  Ly trích RNA siêu vi HIV‐1  Rã đông tự nhiên huyết tương đã lưu ở trên,  ly  trích  RNA  bằng  cách  sử  dụng  150µl  huyết  tương  và  bộ  kit RNAPrep  (Nam Khoa  Biotek,  HCMC, Vietnam). Nguyên tắc của bộ kit này là  sử dụng hợp  chất phenol‐chloroform  làm  biến  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014  Nghiên cứu Y học Nhiễm 381 tính protein và dùng  ethanol  để  làm  tủa RNA  của siêu vi HIV‐1.  Tổng hợp cDNA từ RNA được ly trích ở trên  Sản phẩm RNA  ly  trích ở bước  trên được sử  dụng để tổng hợp thành cDNA bằng bộ kit cDNA  Synthesis  (Nam  Khoa  Biotek, HCMC,  Vietnam).  Chu kỳ nhiệt được sử dụng là: 25oC trong 5 phút,  42oC trong 30 phút, 85oC trong 5 phút.  Khuếch đại vùng gen env của HIV‐1 bằng  phương  pháp  “nested”  PCR  và  tinh  sạch  sản phẩm sau khuếch đại  Sử dụng “Mồi ngoài” gồm:  Env 31: 5’‐CAGTACAATGTACACATGG‐3’  (6955 to 6973)  Env  8:  5’‐ATGGGAGGGGCATACATTG‐3’  (7522 to 7540)  (ANRS công bố năm 2008)  Với  chu  kỳ  nhiệt:  95  oC  trong  5  phút;  40  chu kỳ gồm 94 oC trong 30 giây, 50 oC trong 30  giây và  72 oC  trong  1 phút;  sau  cùng  là  72 oC  trong 10 phút  Sử dụng “Mồi  trong” gồm:  (đoạn khuếch đại  có kích thước 374bp)  Env  7:  5’‐AATGGCAGTCTAGCAGAAG‐3’  (7008 to 7026)  ED33:  5’‐TTACAGTAGAAAAATTCCCCTC‐ 3’ (7360 to 7381)  (ANRS công bố năm 2008)  Với  chu  kỳ  nhiệt:  95  oC  trong  5  phút;  40  chu kỳ gồm 94 oC trong 30 giây, 55 oC trong 30  giây và 72 oC  trong 40 giây; sau cùng  là 72 oC  trong 5 phút  Khi đã  thực hiện khuếch đại vùng gen env,  chúng  tôi cho sản phẩm PCR chạy điện di  trên  gel agarose 2% nhuộm ethidium bromide để xác  định sản phẩm chính  là gen  env  (dựa vào kích  thước đoạn khuếch đại).  Tinh sạch toàn bộ sản phẩm PCR bằng bộ kit  Purification (Qiagen, Hilden, Germany).  Giải trình tự gen env  Sản phẩm  từ bước  tinh sạch ở  trên sẽ được  thực  hiện  giải  trình  tự  cả  2 mạch  bằng  bộ  kit  BigDye  Terminator  Cycle  Sequencing  v3.1  (Applied Biosystems, Foster CA, USA) với mồi  “xuôi” và “ngược” là Env7 và ED33, sau khi tất  cả sản phẩm PCR được đánh dấu huỳnh quang,  sẽ  được  “cô  đặc”  lại và huyền phù  trong  20µl  formamid để được phân tích trình tự nucleotide  bằng máy giải trình tự tự động ABI Prism 3130xl  (Applied Biosystems, Foster CA, USA).  Tinh sạch trình tự và phân tích cây quan hệ  tiến hóa  Trình  tự  nucleotide  “thô”  sau  khi  giải  sẽ  được  “tinh  sạch”  bằng  phần mềm Mega  5.05.  Chúng tôi xây dựng bộ chủng tham khảo và so  sánh  chúng  với  trình  tự  nucleotide  các  mẫu  tham  khảo  bằng  chức  năng  BLAST  của  cả  2  chương  trình  Stanford  Sequence  Analysis  (  và  NCBI  HIV  Subtyping Tool  (  Kết quả của việc so sánh này là xây dựng được  cây quan hệ tiến hóa của các mẫu trong nghiên  cứu dựa  theo cách  tính  toán của phương pháp  neighbour‐joining.  KẾT QUẢ & BÀN LUẬN  Trong 200 mẫu bệnh phẩm  thu  thập  được,  nhóm nghiên cứu chúng tôi đã thành công trong  việc khuếch  đại, giải và phân  tích  trình  tự  của  183 mẫu (chiếm 91,5%).  Kết quả phân tích cụ thể cho thấy: 173 mẫu  (chiếm 94,53%)  thuộc  thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE;  7 mẫu (chiếm 3,83%) thuộc thứ týp B; và 3 mẫu  (chiếm  1,64%)  thuộc  thể‐tái‐tổ‐hợp  CRF01_AE_B. Như vậy, kết quả nghiên cứu của  chúng  tôi một mặt  khẳng  định  thêm  vào  kiến  thức về dịch  tễ học phân  tử của HIV‐1  tại Việt  Nam  là  thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE  chủ  yếu  lưu  hành  ở nước  ta; một mặt  cho  thấy  đã bắt  đầu  xuất hiện ngày càng nhiều hơn các thứ týp khác  và  cả  các  thể‐tái‐tổ‐hợp CRF khác  (khi  so  sánh  với các tác giả khác hoàn toàn chỉ phát hiện thể‐ tái‐tổ‐hợp CRF01_AE)(4,12,16,17,18). Ví dụ nghiên cứu  Nghiên cứu Y học  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014 Chuyên Đề Nội Khoa 382 năm 2004 của  tác giả Kayoko Kato và các cộng  sự thực hiện trên những người nghiện chích ma  túy  ở  miền  Bắc  Việt  Nam  cho  kết  quả  rằng  chủng HIV thứ týp E (là danh pháp cũ của thể‐ tái‐tổ‐hợp CRF01_AE) là nổi trội ở khu vực này.  Tạp chí AIDS Research and Human Retroviruses  vào năm 2012 công bố một nghiên cứu của  tác  giả Rozina Caridha và  cộng  sự  cho  thấy  100%  các mẫu  thu  thập được  trên đối  tượng phụ nữ  mang  thai nhiễm HIV  từ  2005‐2007  ở Hà Nội,  Hải Phòng đều thuộc thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE.  Trong năm 2010, Tạ Thị Thu Hồng và cộng sự ở  Viện Vệ sinh dịch tễ trung ương đã khảo sát đột  biến  kháng  thuốc  trên  đối  tượng  nhiễm  HIV  chưa  điều  trị  tại  các  tỉnh/thành  Hà  Nội,  Hải  Phòng, Đà Nẵng, Khánh Hòa, Cần Thơ, công bố  100%  các  mẫu  nghiên  cứu  thuộc  chủng  CRF01_AE(16).  Kết quả nghiên cứu của chúng tôi cũng phù  hợp với các kiến thức từ y văn thế giới cho thấy  thể‐tái‐tổ‐hợp  CRF01_AE  lưu  hành  chủ  yếu  ở  vùng Đông Nam Á(6,7,14).  Ngoài  ra,  chúng  tôi  cũng  đã xác  định  có  ít  nhất  3 mẫu  thuộc  thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE_B,  theo quy ước của thế giới thì kết luận đây là thể  CRF  chứ  không  phải  là  URF  (Unique  Recombinant Form).  Cây quan hệ tiến hóa giữa các thứ týp HIV‐1  dựa trên trình tự gen env:  H D R _2 46 H D R _2 47 H D R _2 44 H D R _2 41 H D R _2 43 H D R _1 85 H D R _2 49 H D R _2 32 H D R _2 35 07 C N .H N 07 4_ C R F0 1_ AE 97 TH 6- 10 7 C R F0 1 AE H D R _1 37 FJ 05 3 C R F0 1 AE H DR _0 10 HD R _1 15 M ER LB DT RC 2 CR F0 1 AE HD R_ 14 5 HD R_ 03 4 HD R_ 14 7 HD R_ 13 8 HD R_ 14 3 HD R_ 13 4 HD R_ 13 9 HD R_ 14 0 HD R_ 00 7 HD R_ 11 0 HD R_ 11 9 HD R_ 12 0 HD R_ 00 4 HD R_ 02 7 HD R_ 03 1 HD R_ 09 7 HD R_ 113 HD R_ 144 97V NH CM 309 CR F01 AE 97V NH CM 306 CR F01 AE HD R_1 18 HDR _05 5 HDR _00 3 HDR _00 2 HDR _094 HDR _100 HDR _116 HDR_ 101 HDR_ 087 HDR_1 12 HDR_0 44 HDR_05 6 HDR_103 HDR_146 HDR_230 HDR_141 HDR_080 HDR_107 HDR_148HDR_184HDR_233HDR_012HDR_063HDR_098HDR_038HDR_049HDR_047HDR_057HDR_058HDR_016 HDR_001 HDR_017 HDR_064 HDR_099 HDR_005 HDR_022 HDR_073 HDR_075 HDR_083 HDR_076 HDR_062 HDR_074 HDR_082 JQ403102.1_B JN860769.1_B AY781127.1_B AY586543.2_B FJ496184.1_B EU786678.1_B HDR_091 HDR_092 05TH852327_CRF01AE_B HDR_096 HDR_193 HDR_195 HD R_ 05 2 H DR _1 21 H DR _1 22 H D R _0 11 H D R _0 89 H D R _1 81 H D R _0 08 H D R _1 23 H D R _0 37 H D R _1 42 H D R _1 33 H D R _2 34 H D R _1 09 H D R _0 19 H D R _0 13 H D R _0 4 8 H D R _0 43 H D R _0 66 H D R _0 42 H D R _0 93 H D R _1 24 H D R _2 38 H D R _2 48 H D R _0 46 H D R _0 41 H D R _0 72 H D R _0 81 H DR _0 53 H DR _0 59 H DR _1 83 HD R_ 23 6 HD R_ 01 5 HD R_ 06 5 HD R_ 06 9 HD R_ 24 2 98 VN ND 17 C RF 01 A E 98 VN BG 4 CR F0 1 AE HD R_ 08 8 EU 54 71 86 .1_ B HD R_ 13 2 HD R_ 03 9 HD R_ 12 7 HD R_ 02 9 HD R_ 06 1 HD R_ 06 0 05 GX 03 4 C RF 01 AE HD R_ 23 1 HD R_ 186 HD R_ 200 HD R_ 202 HD R_2 29 HD R_0 06 HDR _10 2 HDR _05 1 HDR _04 5 HDR _111HDR _070HDR _105HDR _108HDR _090HDR _199HDR _192HDR _117HDR _187HD R_194 HDR_196 HDR_197 HDR_125 HDR_136 HDR_050 HDR_106 HDR_009 HXB2_env HDR_014 HDR_095 HDR_104 HDR_067 HDR_114 HDR_130 HDR_131 HDR_171 HDR_128 HDR_129 HDR_154 HDR_174 HDR_175 HDR_176 HDR_157 HDR_156 HDR_190 HDR_191 HDR_166 HDR_153 HDR_149 HDR_161 HDR_178 HDR_180 HDR_158 HDR_159 HDR_170 HDR_167 HDR_172 HDR_163 HDR_162 HDR_165 HDR_177 HDR _173 H DR _188 H DR _150 H D R _155 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 1 * 2014  Nghiên cứu Y học Nhiễm 383 KẾT LUẬN  Nghiên cứu của chúng  tôi góp phần khẳng  định thể‐tái‐tổ‐hợp CRF01_AE của siêu vi HIV‐1  lưu hành chủ yếu ở các tỉnh thành phía nam của  Việt Nam gồm cả TP. Hồ Chí Minh. Tuy nhiên  bên cạnh đó vẫn có sự lưu hành của thứ týp B và  đã  bắt  đầu  có  sự  xuất  hiện  của  thể‐tái‐tổ‐hợp  CRF01_AE_B.  TÀI LIỆU THAM KHẢO  1. Baeten JM, Chohan B, Lavreys L, et al (2007). HIV‐1 subtype  D infection is associated with faster disease progression than  subtype A in spite of similar plasma HIV‐1 loads. J Infect Dis,  195:1177‐1180.  2. Blackard  JT,  Cohen  DE,  Mayer  KH  (2002).  Human  immunodeficiency  virus  superinfection  and  recombination:  current  state  of  knowledge  and  potential  clinical  consequences. Clin Infect Dis, 34:1108‐1114.  3. Bộ Y tế (2009). Hướng dẫn chẩn đoán và điều trị bệnh nhiễm  HIV/AIDS (Ban hành kèm theo Quyết định số 3003/QĐ‐BYT  ngày 19/8/2009 của Bộ trưởng Bộ Y tế), 8‐9. Nhà xuất bản Y  học, Hà Nội.  4. Caridha  R, Ha  TT, Gaseitsiwe  S, Hung  PV, Anh  NM, Bao  NH, Khang  DD, Hien  NT, Cam  PD, Chiodi  F, Ehrnst  A  (2012).  Short  communication:  Phylogenetic Characterization  of  HIV  Type  1  CRF01_AE  V3  Envelope  Sequences  in  Pregnent  Women  in  Northern  Vietnam.  Journal  of  AIDS  Research and Human Retroviruses, 28:852‐856.  5. Cilliers T, Nhlapo  J, Coetzer M, et al  (2003). The CCR5 and  CXCR4  coreceptors  are  both  used  by  human  immunodeficiency virus type 1 primary isolates from subtype  C. J Virol, 77:4449‐4456.  6. Costello  C,  Nelson  KE,  Suriyanon  V,  et  al  (2005).  HIV‐1  subtype  E  progression  among  northern  Thai  couples:  traditional  and  non‐traditional  predictors  of  survival.  Int  J  Epidemiol, 34:577‐584.  7. Hemelaar  J, Gouws E, Ghys PD, Osmanov S  (2006). Global  and  regional  distribution  of  HIV‐1  genetic  subtypes  and  recombinants in 2004. AIDS, 20:W13‐W23.  8. Huang W,  Eshleman  SH,  Toma  J,  et  al  (2007).  Coreceptor  tropism in human immunodeficiency virus type 1 subtype D:  high  prevalence  of  CXCR4  tropism  and  heterogeneous  composition of viral populations. J Virol, 81:7885‐7893.  9. Hudgens  MG,  Longini  IM  Jr,  Vanichseni  S,  et  al  (2002).  Subtype‐specific  transmission  probabilities  for  human  immunodeficiency virus type 1 among injecting drug users in  Bangkok, Thailand. Am J Epidemiol, 155:159‐168.  10. John‐Stewart  GC, Nduati  RW,  Rousseau  CM,  et  al  (2005).  Subtype C  is associated with  increased vaginal  shedding of  HIV‐1. J Infect Dis, 192:492‐496.  11. Kanki  PJ,  Hamel  DJ,  Sankale  JL,  et  al  (1999).  Human  immunodeficiency  virus  type  1  subtypes  differ  in  disease  progression. J Infect Dis, 179:68‐73.  12. Kato  K, Shiino  T, Kusagawa  S, Sato  H, Nohtomi  K, Shibamura  K, Nguyen  TH, Pham  KC, Truong  XL, Mai  HA, Hoang TL, et al (2004). Genetic Similarity of HIV Type 1  Subtype E in a Recent Outbreak among Infecting Drug Users  in  Northern  Vietnam  to  Strains  in  Guangxi  Province  of  Southern  China.  Journal  of  AIDS  Research  and  Human  Retroviruses, 15:1157‐1168.  13. Kiwanuka N, Laeyendecker O, Robb M, et al (2008). Effect of  human  immunodeficiency virus  type  1  (HIV‐1)  subtype  on  disease  progression  in  persons  from  Rakai,  Uganda,  wtih  incident HIV‐1 infection. J Infect Dis, 197:707‐713.  14. McCutchan  FE,  Hegerich  PA,  Brennan  TP,  et  al  (1992).  Genetic  variants  of  HIV‐1  in  Thailand.  AIDS  Res  Hum  Retroviruses, 8:1887‐1895.  15. Renjifo B, Gilbert P, Chaplin B,  et  al  (2004). Preferential  in‐ utero transmission of HIV‐1 subtype C as compared to HIV‐1  subtype A or D. AIDS, 18:1629‐1636.  16. Tạ Thị Thu Hồng và cộng sự (2010). Khảo sát đột biến kháng  thuốc  trên  đối  tượng  nhiễm  HIV  chưa  điều  trị  tại  Việt  Nam.Tạp chí Y học dự phòng, 20: 65‐69.  17. Trần Chí Thành, Trương Xuân Liên(2005). Xác định thứ týp  HIV‐1 ở Thành phố Hồ Chí Minh. Tạp chí Y học dự phòng,  15:75‐80.  18. Trương Xuân Liên và cộng sự (2010). HIV kháng thuốc trên  bệnh nhân nhiễm HIV tại Tp.HCM. Báo cáo tại Hội nghị quốc  gia phòng chống HIV/AIDS lần thứ IV 2010.  Ngày nhận bài báo: 07/11/2013  Ngày phản biện nhận xét bài báo: 28/11/2013  Ngày bài báo được đăng: 05/01/2014